Berawal dari sebidang tanah yang dibeli oleh KH. Muhammad Mahmud Isma’il ZM di sebelah selatan jalan raya yang menghubungkan Pondok Pesantren Darussalikin dengan MIQ Al-Hikam seluas 6000 m2 dengan harga 70 juta rupiah dari seorang perempuan yang bernama ibu bau Parto Pawiro, Ngabean Maduretno Kalikajar. KH. Muhammad Mahmud Isma’il ZM mulai merintis usaha dan memulai cikal bakal berdirinya sebuah Pondok Pesantren Ma’had Ilmu Al-Qur’an (MIQ) Al-Hikam sebuah Pondok yang saat ini berkembang menjadi cabang dari Pondok Pesantren Darussalikin Assalafy Tempelsari, Maduretno, Kalikajar, Wonosobo.

Bermula dari KH. Muhammad Mahmud Isma’il ZM atas petunjuk KH. Maimun Zubair mempersunting seorang Ning dari Sarang Rembang yang bernama Ulfah Fauziah, Putri ketiga dari pasangan KH. Ali Masyfu’ dan Nyai Maryam pada tanggal 14 Desember 1991 M bertepatan dengan tanggal 09 Jumadil Akhir 1412 H. Setelah melaksanakan akad nikah di Sarang Rambang, Beliau langsung memboyong istrinya (Ibu Ny. Hj. Ulfah Fauziah) ke Pondok Pesantren Darussalikin untuk berjuang Nasyrul ‘Ilmi di Pondok Pesantren ayahnya tersebut dan menetap di sana sampai tahun 2004. Beliau dikaruniai5 orang Putri yang masing-masing diberi nama :
1. Izzah Najibah Linailinnabalah
2. Arini Rusyda
3. Zahro Widad
4. Syauqiyah Mufidah
5. Majdah Layyinah

Pada tahun 1999 KH. Muhammad Mahmud Isma’il ZM merintis pembangunan pertama pada tanah yang di belinya. Sebelum di dirikan bangunan pertama, Tanah tersebut dijadikan lahan bisnis beliau dengan bertani cabai. Adapun bangunan pertama yang didirikan adalah sebuah Gedung tempat mengaji yang sekarang terletak di belakang rumah beliau yang diberi nama Gedung Al-Fath. selanjutnya pada tahun 2000 di bangun pula Toko yang terletak di samping Pintu gerbang yang dikenal dengan Toko Az-Zahra, serta pondasi pembangunan rumah Beliau seluas 11m x 17m, kemudian pada tahun 2002 dibangun Gedung lantai II diatas Toko Az-Zahra.

Setelah itu pada tahun 2003 KH. Muhammad Mahmud Isma’il ZM merencanakan untuk pindah tempat di tanah yang telah dibelinya maka pada tahun tersebut mulailah dibangun rumah Beliau. Pada tahun 2004 Selesai pembangunan rumah Beliau dan mulai di tempati oleh Beliau beserta keluarga. Serta pembangunan rumah beliau selesai sampai dengan lantai III pada tahun 2016. Selain itu, pada tahun 2003 juga dibangun Gedung Madrasah Diniyyah yang terletak di Barat rumah beliau yang berurutan setelah Gedung Al-Riyadh, serta pembangunan lantai III selesai tahun 2016. Bersamaan itu pula pembangunan Pondok mulai sedikit demi sedikit bertambah, seiring bertambahnya jumlah santri.

Kemudian pada tahun 2004 mulai di bangun Gedung Tempat Pelatihan Usaha Santri (TPUS) yang terletak di Barat rumah beliau. Tepat pada tahun 2005 secara resmi Pondok Pesantren ini berdiri dan diberi nama Ma’had Ilmu Al-Qur’an (MIQ) Al-Hikam yang didirikan atas dasar Tafaqquh Fiddin, Nasyrul ‘Ilmi, Kajian kitab-kitab Turots As-Salafi dan Tahfidzul Qur’an.

Pada tahun 2006 dibangun di Gedung Al-Riyadh bawah, kemudian pada tahun 2007 dibangun Gedung Al-Riyadh atas. dan pada tahun 2008 mulailah dirintis sebuah Madrasah Formal untuk meningkatkan pembelajaran yang ada serta menjawab tuntutan dan kebutuhan zaman yang berupa Madrasah Tsanawiyah Satu Atap (MTs SA) Al-Hikam Cendekia. Setelah itu pada tahun 2010 Madrasah Tsanawiyah tersebut beroperasi dengan jumlah 28 siswa, dan mulai berkembang pesat hingga pada tahun 2013 didirikan didirikan Madrasah Aliyah (MA) SA Al-Hikam Cedekia dengan Takhassus Study Al-Qur’an dan Tafsir (IQT), dan tidak kalah pentingnya pada tahun 2016 MIQ Al-Hikam menyelenggarakan Satuan Pendidikan Muadalah dengan mengembangkan kurikulum sesuai kekhasan pesantren dengan basis kitab salaf secara berjenjang dan struktur yang dapat di setarakan dengan jenjang pendidikan Menengah pertama dan Menengah atas (MTs-MA) dan pada tahun 2018 MIQ Al-Hikam mendirikan Ma’had Aly Al-Hikam jenjang pendidikan strata S1.